Präzisierungen zur Plattformnutzung

Damit die Zusammenarbeit mit Forschungsinstituten reibungslos verläuft, haben wir die wichtigsten Rahmenbedingungen für die Nutzung unserer Genomanalyse-Plattform zusammengefasst. Diese Hinweise ergänzen die allgemeinen Vertragsbedingungen und beantworten häufige Rückfragen aus der Praxis.

Häufige Fragen zur Genomanalyse

Antworten zu Datenverarbeitung, Sequenzierung und Integration in Ihre Forschungsumgebung.

Welche Datentypen kann die Plattform verarbeiten?

Wir unterstützen gängige Formate aus der Next-Generation-Sequencing-Pipeline: FASTQ-Rohdaten, BAM/CRAM-Alignments und VCF-Varianten. Auch Methylierungsdaten und RNA-Seq-Expressionsprofile lassen sich importieren. Die Plattform normalisiert die Eingaben automatisch, sodass Sie Datensätze aus unterschiedlichen Sequenziergeräten direkt vergleichen können.

Wie läuft die Variantenklassifizierung ab?

Unsere KI-Modelle bewerten jede Variante anhand von Frequenzdaten, Konservierungsmustern und funktionellen Annotationen. Das Ergebnis ist eine Einstufung nach ACMG-Kriterien mit nachvollziehbarer Begründung. Sie sehen jederzeit, welche Merkmale zur Klassifizierung beigetragen haben, und können die Bewertung manuell anpassen.

Kann ich eigene Referenzgenome hochladen?

Ja, Sie können sowohl öffentliche Referenzgenome als auch eigene Assemblies hinterlegen. Die Plattform indexiert Ihre Referenz beim Upload und verwendet sie für alle nachfolgenden Analysen. Das ist besonders nützlich, wenn Sie mit nicht-menschlichen Organismen oder speziellen Zelllinien arbeiten.

Wie werden sensible Patientendaten geschützt?

Alle Daten werden während der Übertragung und Speicherung verschlüsselt. Sie arbeiten in einer isolierten Projektumgebung mit granularen Zugriffsrechten, die Sie pro Teammitglied festlegen. Pseudonymisierung ist standardmäßig aktiviert, und Sie können festlegen, wie lange Datensätze aufbewahrt werden.

Lässt sich die Plattform in bestehende Pipelines integrieren?

Über unsere REST-API können Sie die Plattform an Ihre vorhandenen Workflow-Tools wie Snakemake oder Nextflow anbinden. Wir stellen Client-Bibliotheken für Python und R bereit. So bleibt Ihre bestehende Infrastruktur erhalten, und Sie nutzen unsere Analysefunktionen als zusätzliche Module.

Welche Support-Optionen gibt es für Forschungsinstitute?

Für Institute bieten wir einen technischen Ansprechpartner, der bei der Einrichtung und Optimierung Ihrer Analyse-Workflows hilft. Dazu gehören Schulungen für Ihr Team und regelmäßige Updates zu neuen Algorithmen. Bei Fragen zur Datenmigration oder zur Anbindung an Ihre LIMS unterstützen wir Sie direkt.

Fragen Sie unser Team

Vom Rohdatensatz zur validierten Variante

Unser Analysepfad ist auf Forschungsinstitute zugeschnitten: jeder Schritt ist dokumentiert, reproduzierbar und endet mit einem prüfbaren Ergebnis.

01

Proben- und Datenaufnahme

Sie übermitteln Sequenzierdaten (FASTQ, BAM oder VCF) über eine verschlüsselte Schnittstelle. Wir prüfen Vollständigkeit, Lesetiefe und Qualität der Rohdaten, bevor die Analyse startet.

02

Qualitätskontrolle und Preprocessing

Adapter werden entfernt, Basen mit niedriger Qualität gefiltert und Reads gegen ein Referenzgenom aligniert. Ein automatisierter Report zeigt Ihnen Kennzahlen wie Coverage und Mapping-Rate.

03

Variantenaufruf und Annotation

Unser Pipeline erkennt SNPs, Indels und strukturelle Varianten. Jede Variante wird mit Datenbanken wie ClinVar und gnomAD abgeglichen und funktional annotiert – inklusive Gen- und Transkriptinformationen.

04

KI-gestützte Klassifizierung

Trainierte Modelle bewerten die Pathogenität jeder Variante anhand von Sequenzkontext, Konservierung und bekannten Krankheitsmustern. Das Ergebnis ist eine Priorisierung nach klinischer Relevanz.

05

Manuelle Validierung durch Experten

Unsere Bioinformatiker prüfen auffällige Varianten im Integrative Genomics Viewer, kontrollieren die Coverage an der Position und gleichen die Interpretation mit aktueller Literatur ab.

06

Ergebnisbericht und Export

Sie erhalten einen strukturierten Bericht mit allen validierten Varianten, Klassifizierungen und Empfehlungen. Der Export erfolgt als VCF, Excel oder PDF – bereit für Ihre Publikation oder klinische Dokumentation.

Analyse-Module für präzise Genomik

Unsere Plattform bündelt bioinformatische Werkzeuge für die Verarbeitung molekularer Sequenzen – von der Rohdaten-Qualitätskontrolle bis zur klinischen Varianteninterpretation.

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